Alinen

Aliset ovat kummituksia muistuttavia alkuolentoja todellisuudesta nimeltä Aliversumi. kaksoset nimeltään Neftin Prog ja Vendra Prog kaappasivat Pollyxin 6 kuukautta sitten ja rakensivat hänen avulla oman Dimensionaattorin jolla he aikoivat tuoda lisää alisia ja julman-olennon nimeltä Herra Silmä josta Vendra teki äänipäiväkirja-tallenteita kun hän ja Neftin asuivat Meeron orpokodissa. Progit ovat odottaneet 20 vuotta pääsyä alisten seuraan. Yerek-planeetalla kaksoset toivat osan alisista Ratchetin ja Clankin todellisuuteen ja sitten Silox-planeetalla he toivat muut aliset ja Herra Silmän. kun se tapahtui Herra Silmä kutsui Vendraa pelinappulaksi

ja Vendra heitettiin Aliversumiin. Polaris-galaksia uhkasi alisten-hyökkäys. kun Prog-kaksoset tulivat Aliversumista toiseen todellisuuteen he olivat niin nuoria, että heidän kehonsa pystyivät sopeutumaan. muut Aliset selviävät vain suojavarusteiden ansiosta. Ilman niitä ne olisivat vaarassa. kun Aliset tulivat toiseen todellisuuteen Ratchetin, Clankin ja Neftinin piti yhdistää voimansa pelastaakseen Vendran ja ajaakseen Aliset pois, koska Ratchet oli Neftinin paras mahdollisuus pelastaa Vendra Aliversumista ja Vendra taas oli Ratchetin paras apu pysäyttää Aliset. ja sitä varten Ratchetin, Clankin ja Neftinin piti saada alkuperäinen Dimensionaattori joka oli näytteillä Intergalaktisessa museossa Meridian Cityssä. Mutta kun Dimensionaattori oli saatu Aliset yrittivät tuhota sen mutta Ratchet onnistui pidättelemään niitä. kun Dimensionaattori saatiin korjatuksi Clank lähti Aliversumiin pelastamaan Vendraa. kun he pääsivät sieltä Neftin ja Vendra ajoivat Herra Silmän ja Aliset takaisin Aliversumiin.